随着“十五”计划的全面推进，我校各级重点学科的申报和立项工作也已经全面展开。目前，我校列入国家中医药管理局重点学科建设计划的有4个学科、列入上海市重中之重学科建设的有1项、列入上海市重点学科建设的有1项、另有4个学科进入国家教育部的会议评审阶段、6项申报上海市教委重点学科。随着各项重点学科的确定，如何加强重点学科过程管理的问题就显得异常突出。
重点学科建设不同于一般的科研项目管理，主要体现在周期长（一般为3—5年）、内容范围广、涉及的人员众多等等方面。在以往我校的重点学科建设过程中，确实存在着重申报，轻管理的问题。如何保证各级重点学科在立项后能够按照预期的建设目标有序的进行？这是我们的新的一轮学科建设中必须给予充分考虑的一个问题。对于这个问题，主要应当作好以下几个方面的工作：
一、领导重视，层层推进
要搞好学科建设工作，各级领导就必须给予足够的重视、关心，作为学校的头等大事来抓。从校行政、党政领导到各部门的分管领导、具体分管人员、以及学科带头人层层作好落实工作，是真正推进学科建设的根本保证。
二、职责明确，落实到人。
在领导重视的同时，也必须作好具体工作的落实，落实到具体的部门、具体的人员，实现管理工作的层次化，已使责任明确、分工清楚。
三、加强沟通，信息通畅
要搞好学科建设，加强沟通、联络工作也是必不可少的，学校学科建设办公室的主要职能正在于此，同时各具体学科点、以及分管单位也应配备相应的联络人员。信息的通畅与否也是学科建设管理过程中及其重要的一个环节。鉴于此点，由校党委主办，学科建设办公室承办的“学科建设简报”也已发行。
四、定期考核，奖罚分明
要加强重点学科的过程管理，中期考核也就显得尤为重要，在此基础上对建设情况好的学科及学科带头人给予适当的奖励，对于建设情况较差的学科给予必要的调整（如学科带头人以及学科内人员的配备情况、经费的转拨情况等）是促进学科建设进程的一种有效的激励手段。